W XVI wieku, w wyniku reformacji również na Śląsku Cieszyńskim doszło do dramatycznego podziału chrześcijan na katolików i protestantów. Dzięki poparciu książąt cieszyńskich, sprzyjających reformie, w Skoczowie protestantyzm stał się religią dominującą. W połowie stulecia ewangelicy przejęli kościół św. św. Piotra i Pawła, a katolickiego proboszcza przepędzili. Sytuacja ta trwała do połowy XVII wieku. Wtedy to katoliccy Habsburgowie przejęli Księstwo Cieszyńskie. I już w 1654 roku wysłali komisarzy cesarskich w towarzystwie dragonów, aby siłą przywrócić katolikom m.in. kościół w Skoczowie. Na pewien czas protestanccy wyznawcy Chrystusa musieli modlić się potajemnie.
Ulgę przyniósł dopiero patent tolerancyjny cesarza Józefa II, z 1781 roku, umożliwiający np. budowę ewangelickich świątyń – tyle, że z dala od centrów miast. Komitet budowy kościoła ewangelickiego w Skoczowie zawiązał się w 1849 roku. Grunty na Kaplicówce podarował Jan Górniok. Świątynię zaprojektował wiedeński architekt – Horky. Budowę kościoła wspierali zamożni współwyznawcy z okolicy i sam król Prus – Wilhelm I. W 1865 roku stanęła okazała świątynia o cechach różnych stylów. Najbardziej wyrazisty jest neogotyk. W środku wyodrębniono trzy nawy. Nad ołtarzem umieszczono niewielką ambonę.
W następnych latach w pobliżu kościoła zbudowano jeszcze plebanię, szkołę oraz Ewangelicki Dom Sierot. Społeczność ewangelicka powoli rosła w siłę. Na początku ubiegłego stulecia protestanci stanowili około 25 procent ogółu mieszkańców Skoczowa. W latach 30. do zboru należało 2200 wiernych.
Kościół gruntownie wyremontowano w latach 80. XX wieku, z okazji 500 rocznicy urodzin Marcina Lutra.
22 maja 1995 roku, papież Jan Paweł II w drodze na tak zwaną Kaplicówkę wstąpił do tej ewangelickiej świątyni, aby wspólnie odmówić modlitwę „Ojcze nasz”.
